FUNDACIÓN MUSEO DE LAS CONCEPTAS
El museo se ha instalado en lo que fue la enfermería del Convento de Claustro de las Madres Conceptas, construido entre 1682 y 1729. En sus salas se puede apreciar la vida cotidiana de estas religiosas, así como piezas de arte religioso y objetos utilitarios de la época.

MUSEO DE ARTE MODERNO
El Museo Municipal de Arte Moderno, funciona en el local de la antigua Casa de la Temperancia, la misma que fue restaurada entre 1976 y 1981. En el mismo se ofrecen exposiciones temporales de arte moderno y contemporáneo, pudiendo encontrarse en él obras en exhibición permanente que pertenecen al patrimonio del museo. Cuenta, además, con una biblioteca especializada en arte.

MUSEO DE ARTE RELIGIOSO “CATEDRAL VIEJA”
La Catedral Vieja tiene un gran valor histórico debido a que su Torre fue el punto de referencia para que la Misión Geodésica Francesa realizara las mediciones del Arco del Meridiano Terrestre. El primer órgano de la ciudad, que se conserva hasta el día de hoy, se encuentra en este templo. El interior de la iglesia tiene una impresionante pintura mural.

MUSEO DE ESQUELETOLOGÍA
La colección cuenta con osamentas de más de 120 especies de animales nativos, entre peces, anfibios, reptiles, aves, y mamíferos nativos. La exposición de esqueletos, está resaltada mediante dioramas y recreaciones del medio ambiente físico en el que se desarrolla cada especie.

MUSEO DE LA IDENTIDAD CAÑARI
Su muestra contiene piezas arqueológicas de origen precolombino de la cultura cañari desde el período Narrio hasta la llegada de los Incas. Adicionalmente existe una colección de arte constituida por pinturas y esculturas coloniales del siglo XVIII y XIX; cuadros costumbristas de procedencia cuencana y piezas etnográficas.

MUSEO DE LAS CULTURAS ABORÍGENES
El museo cuenta con unas 5.000 piezas en exhibición al público, que corresponden a todos los períodos de la historia aborigen del Ecuador, constituyéndose así en el Museo Arqueológico más completo de la ciudad de Cuenca y de la región.

MUSEO DEL CIDAP (CENTRO INTERAMERICANO DE ARTES Y ARTESANÍAS POPULARES)
En este lugar se puede apreciar una singular colección de arte popular americano. Cuenta también con un almacén de artesanía popular selecta y un centro de documentación.

MUSEO DEL COLEGIO NACIONAL BENIGNO MALO
Las instalaciones del museo forman parte de una de las edificaciones más emblemáticas de la ciudad. Las colecciones del museo constan de dos secciones: Ciencias Naturales y Arqueología, cada una de ellas con su propia área de exhibición.

MUSEO DEL SOMBRERO DE PAJA TOQUILLA EL BARRANCO
Es un espacio en el que se ha recreado un taller de compostura, donde se exhiben las herramientas utilizadas para la transformación de la paja toquilla. Adicionalmente en la fábrica de sombreros se puede apreciar el proceso de elaboración del sombrero.

MUSEO MANUEL AGUSTÍN LANDÍVAR
Este es un museo de sitio ubicado en el sector de Todos Santos, lugar en el que coexisten vestigios arqueológicos de diversos períodos históricos: cultura Cañari, incásica y molinos de piedra construidos por los españoles. En el museo se pueden encontrar piezas que dan testimonio de estas tres culturas.

MUSEO MUNICIPAL CASA DEL SOMBRERO
Funciona en una antigua y emblemática casona recuperada por la Municipalidad de Cuenca para convertirla en un nuevo escenario para fomentar la cultura de la ciudad. En sus cuatro salas los visitantes pueden apreciar el arte del tejido del sombrero de paja toquilla a través de videos, representaciones fotográficas, objetos y materiales utilizados a lo largo del tiempo para esta labor artesanal practicada desde épocas precolombinas”

MUSEO MUNICIPAL REMIGIO CRESPO TORAL
En este museo se guarda el archivo Municipal de Historia de la ciudad de Cuenca con todos sus tratados, convenios, cartas, etc, sobre los que la ciudad se ha edificado. Además el local del museo es una de las casas patrimoniales de la ciudad, ubicada en el Barranco.

MUSEO SOCIEDAD HISTORIA DE LA MEDICINA
En el local que fue la Facultad de Medicina de la Universidad de Cuenca y el antiguo hospital de la ciudad, se encuentra permanentemente una exposición sobre la trayectoria médica en la ciudad. La riqueza de la edificación le da un ambiente único a este museo ubicado junto al Hospital Militar.

MUSEO Y PARQUE ARQUEOLÓGICO PUMAPUNGO
Con salas de arqueología, arte religioso del siglo XIX, etnografía y numismática, el museo se encuentra ubicado, junto al complejo arqueológico de ruinas incásicas más importante de la ciudad: Pumapungo.

MUSEO “LA MAGIA DEL SOMBRERO” HOMERO ORTEGA
La empresa exportadora “Homero Ortega” con su museo que rinde homenaje a mujeres y hombres, que con sus hábiles manos tejen con natural sensibilidad el futuro de la región.