El lugar donde actualmente se ubica el Parque Arqueológico de Pumapungo ha sido testigo del paso de tres importantes ocupaciones: la primera cañarí, con la ciudad de Guapondélig, la segunda inca con la ciudad de Tomebamba, y la tercera española con el nombre de “Santa Ana de los Ríos de Cuenca”. El sitio arqueológico se halla emplazado en un lugar estratégico en lo alto del Barranco del Río Tomebamba. Actualmente en sus instalaciones podemos encontrar un jardín etnobotánico y un refugio de aves.